Tlamatini - R package v0.5

Este paquete contiene funciones utiles para el análisis de datos, principalmente para modelos lineales (LM, GLM, GLMM, GAM). Aunque está pensado para usarse en Ciencias Biológicas, su aplicación se extiende a cualquier area del conocimiento que requiera analisis estadisticos. Es una compilación de funciones utiles creadas por mi o creadas por alguien más, pero que facilitan el analisis de datos: transformaciones de datos, ajuste y revision de modelos lineales (LM, LMM, GLM, GLMM, GAM, etc), exportación de tablas, entre otras funciones.

El nombre de la paquetería Tlamatini proviene del Náhuatl, una lengua indígena Mexicana, que significa "los que saben algo o los que saben cosas". Tambien puede ser traducida como hombres sabios y era el equivalente a los filósofos en la época de los Mexicas. Quienes nos dedicamos a las Ciencias Naturales, al igual que un Tlamatini, "sabemos cosas", cosas del mundo natural.

El paquete está todavía en su etapa de desarrollo, puede haber errores en algunas funciones y pueden cambiar en el futuro. De existir errores, iré corrigiendo poco a poco el script de las funciones. Recomiendo revisar las actualizaciones al final de esta página.

Próximamente este paquete estará disponible en el repositorio de CRAN, si todo sale bien con la revisión del paquete.

Para instalar una versión de desarrollo del paquete desde GitHub:

if (!require("remotes")) install.packages("remotes")
remotes::install_github("mariosandovalmx/tlamatini")

Si esto no funciona prueba con:

if (!require("remotes")) install.packages("remotes")
remotes::install_github("mariosandovalmx/tlamatini", force = TRUE)

Si sale algun error parecido a este:

"namespace ‘Xpackage’ 1.2.1 is being loaded, but >= 1.3.1 is required"

Prueba instalar/actualizar el paquete que menciona: install.packages("Xpackage")

Si llega a existir algún error, por favor revisa el informe de error que arroja R para solucionar el problema.

Para citar este paquete:

Mario A. Sandoval-Molina (2021). tlamatini: Funciones utiles para biologxs y ecologxs confundidos con los modelos lineales. R package. https://doi.org/10.5281/zenodo.7765347

Para consultar las funciones del paquete y acceder a tutoriales sobre como usar Tlamatini para ajustar GLM y GLMMs, visita el siguiente enlace en la pestaña "Articles":

Actualizaciones y correcciones de funciones:

Nombre Descripción Fecha de actualización
Nueva version del paquete 0.5 Nuevas funciones y corregidos algunos errores. 01/07/2023
my_ggplot_themes fue removida y sustituida por dos nuevos temas my_ggplot_themes dejó de funcionar, en su lugar se podrá usar las funciones "tema_articulo", "tema_articulo2". 18/07/2022
VIF_ model y VIF_plot Nuevas funciones para calcular el VIF (variance inflation factor) de un modelo lineal. VIF_plot permite graficar el valor del VIF entre todas las variables del modelo. 18/07/2022
Limpiar_nombres Nueva función para limpiar los nombres de las columnas de caracteres especiales y espacios Ej. "CoLumna [mm]" la convierte a "columna_mm". 18/07/2022
norm.shapiro.grupos, norm.ad.grupos y norm.lks.grupos Nuevas funciones para probar normalidad de una variable por grupos. Se puede usar Shapiro-Wilk, Anderson-Darling y Lilliefors (Kolmogorov-Smirnov). Pueden usarse dos o más columnas para aplicar la prueba a todos los factores. 10/03/2022
chisq.post.hoc.filas Nueva función para hacer "posthoc" después de una prueba Chi.cuadrada significativa. Realiza pruebas de Fisher a cada una da las filas. 06/02/2022
Tablas ANOVA corregidas Se corrigieron las funciones para extraer tablas ANOVA tipo II y III. 07/01/2022
plot_effects3 Nueva función agregada, grafica los efectos de un modelo. 14/12/2021
escalar_datos Corregido. Error: no reconoce ex_variables. 04/10/2021
table_contrasts 1 y 2 Corregido. Error: subscript out of bounds. 12/10/2021
Plot.effects2 Actualizada para agregar lineas y puntos. 15/10/2021
chisq.post.hoc Actualizada para permitir simulación del valor de p por el método de Monte Carlo. 22/10/2021